בעין גדי מתקיים לאורך אלפי שנים שיווי משקל בין האדם היושב בה לטבע שסביבו. מפעל המים המינרליים ממשיך מסורת קדומה זו ורותם את התעשייה החדשה למאמצי השמירה על הסביבה של הישוב ורשות הטבע והגנים. המפעל הוסמך כמיישם מדיניות איכות סביבה ופועל להשגת מטרות סביבתיות. בבניית המפעל הושם דגש על אי פליטת מזהמים, בידוד המונע רעש לסביבה ופיתוח סביבתי שיבטיח שטחי נוי ועיצוב אסטטי, תוך דגש על שילוב בטבע. המפעל פועל לצמצום השימוש באנרגיה ובצריכת מים, צמצום השימוש בחומרי אריזה וצמצום ייצור פסולת.
פעילות מפעל המים, נעשית כל השנים, באישור הרשויות הממשלתיות המוסמכות ובתאום והסכמות עם גורמי הטבע האחראים על האיזור.
באזור נווה המדבר של עין גדי ישנם ארבעה מקורות מים עיקריים: מעיין דוד בצפון, מעיינות נחל ערוגות בדרום ומעיינות עין גדי ושולמית, הנובעים במעלה הרכס במרכז. ארבעה מקורות אלה מהווים את מקור החיים של נווה עין גדי והופכים את המקום לנווה שוקק חיים בלב מדבר.